أدانت وزارة الخارجية الايرانية بشدة إعدام الشيخ نمر باقر النمر، واعتبرت أنه "مؤشر على عمق عدم الحكمة واللاشعور بالمسؤولية لدى النظام السعودي، مؤكدة أن الرياض "ستدفع ثمناً باهظاً لهذا الإجراء الذي أقدمت عليه".

وقال المتحدث باسم الوزارة حسين جابر أنصاري، في بيان يوم السبت "2 يناير 2016م"، إنه "في الوقت الذي يزعزع فيه الإرهابيون المتطرفون والتكفيريون أمن واستقرار شعوب المنطقة والعالم ويهددون استقرار ووجود بعض حكومات المنطقة، فإن إعدام شخصية مثل الشيخ النمر الذي لم تكن له أداة سوى الكلام لمتابعة أهدافه السياسية والدينية، يعدّ مؤشراً إلى عمق عدم الحكمة واللامسؤولية".

وأضاف أنصاري أن الحكومة السعودية "وفي الوقت الذي تدعم فيه التيارات الإرهابية والمتطرفة التكفيرية تتحدث مع منتقديها في الداخل بلغة الإعدام والقمع، ومن الواضح أن نتائج هذه السياسة العقيمة واللامسؤولة ستطال القائمين بها"، مشدداً على أن الحكومة السعودية "ستدفع ثمناً باهظاً إزاء استمرار سياساتها هذه".